Матрос Каплунов родился в семье рабочих и до призыва в армию работал чернорабочим на маслозаводе, слесарем и молотобойцем в сельскохозяйственной школе. В РККФ призван в 1938 году и служил на Тихоокеанском флоте. В октябре 1941 года с группой военных моряков прибыл на фронт, где принимал участие в боях в составе 2-й гвардейской армии. В середине декабря 1942 года 98-я дивизия преградила путь наступающей танковой армии фельдмаршала фон Манштейна. Полк, в котором служил Илья Каплунов, держал оборону под хутором Верхнекумский. 18 декабря в районе высоты 137.2 гвардейцы отбили четыре атаки противника с большими для него потерями. После полудня гитлеровцы на узком участке фронта бросили в бой свой последний резерв — 17-ю танковую дивизию и 65-й танковый батальон.

В неравном бою погибли все бойцы роты, и Каплунов остался один против немецких танков. По некоторым данным, отважный матрос уничтожил до 9 танков врага, но сам был тяжело ранен. Был подобран с поля боя 19 декабря и на следующий день скончался, не приходя в сознание. Звание Героя Советского Союза Каплунову Илье Макаровичу присвоено посмертно указом Президиума Верховного Совета СССР от 26 октября 1943 года за уничтожение 9 танков противника в бою под хутором Верхнекумский и проявленные при этом доблесть и мужество. Похоронен в братской могиле под хутором Нижнекумский Октябрьского района Волгоградской области.